El MHNRS se encuentra ubicado en el kilómetro 13.5 norte (av. Juan Williams) de la comuna de Punta Arenas, en el sector rural de Río Seco, dentro de las instalaciones de la empresa secadora de algas Algina S.A., quienes gentilmente han autorizado el uso de varios de sus espacios para fines culturales, siempre y cuando no interfieran con las labores de producción de la empresa.
Estas instalaciones, fueron construidas en gran parte entre los años 1903 y 1905 por la desaparecida firma The South America Export Syndicate Lta., una sociedad entre los empresarios regionales Alfredo Scott y Mauricio Braun y la compañía naviera inglesa The Houlder Brothers & Co. para la implementación de la primera planta frigorífica en la región destinada a la producción y comercialización de productos ovinos y que se conoció popularmente como el Frigorífico Río Seco o Americano (Martinic, M. 1978). En 1964, producto de una serie de causas que se deben al contexto económico y político, se decide poner fin a la sociedad y en 1965 el terreno y los edificios son adquiridos por la Corporación Frigorífica de Magallanes (COFRIMA), que tras varios usos a las instalaciones (chancheras, pesquera, bodegas), decide parcelar el terreno completo y finalmente vender a principios de la década de 1990, parte del terreno (excluyendo las casas habitaciones y los invernaderos que fueron vendidos a particulares) y las instalaciones industriales y oficinas a sus dueños actuales.

Si bien es cierto, la fecha de inicio para el proyecto museológico y museográfico del MHNRS es el año 2013, en que los hermanos Benjamín y Miguel Cáceres, biólogo marino y artista visual respectivamente, parten desarrollando las colecciones sin contar con material previo, es hasta agosto del 2014 donde el proyecto se consolida, convirtiéndose en una Organización Comunitaria sin fines de lucro denominada “Asociación de Investigadores del Museo de Historia Natural Río Seco” (AIMHNRS), la que cuenta con directorio vigente y 27 socios fundadores.